KübIs (või KübI töötajate poolt või nende juhendamisel) kaitstud doktorikraadid
2016
Andres Ojamaa, Software Technology for Cyber Security Simulations (Tarkvaratehnika küberturbe simulatsioonide jaoks), juhendajad Enn Tõugu ja Jaan Penjam
Martin Laasmaa, Revealing Aspects of Cardiac Function from Fluorescence and Electrophysiological Recordings (Südametalituse uuringud fluorestsentsi ja elektrofüsioloogiliste mõõtmiste abil), juhendajad Marko Vendelin, Pearu Peterson ja Rikke Birkedal Nielsen
Denis Firsov, Certification of Context-Free Grammar Algorithms (Kontekstivabade grammatikate algoritmide sertifitseerimine), juhendaja Tarmo Uustalu
Arvo Kaldmäe, Advanced Design of Nonlinear Discrete-time and Delayed Systems (Diskreetsete ja hilistumistega mittelineaarsete juhtimissüsteemide süntees), juhendajad Ülle Kotta ja Claude Moog (Nantes'i Ülikool) (TTÜ ja Nantes'i Ülikooli topeltkraad)
2015
Mari Kalda, Mechanoenergetics of a Single Cardiomyocyte (Ühe südameraku mehaanoenergeetika), juhendajad Marko Vendelin ja Pearu Peterson
Niina Karro, Analysis of ADP Compartmentation in Cardiomyocytes and Its Role in Protection Against Mitochondrial Permeability Transition Pore Opening (ADP kompartmentatsiooni analüüs südamelihasrakkudes ja selle roll mitokondriaalse suure läbitavusega poori avanemise eest kaitsmisel), juhendaja Rikke Birkedal
Emiliano Pastorelli, Analysis and 3D Visualisation of Microstructured Materials on Custom-Built Virtual Reality Environment (Virtuaalkeskkonna arendamine mikrostruktuursete materjalide analüüsiks ja kolmemõõtmeliseks visualiseerimiseks), juhendajad Heiko Herrmann ning Jüri Engelbrecht
Kairit Sirts, Non-parametric Bayesian Models for Computational Morphology (Mitteparameetrilised Bayesi mudelid arvutusliku morfoloogia jaoks), juhendajad Sharon Goldwater (Edinburghi Ülikool) ning Leo Võhandu (TTÜ) (töö kaitstud TTÜ informaatikainstituudis)
Artem Rodin, Propagation and Run-up of Nonlinear Solitary Surface Waves in Shallow Seas and Coastal Areas (Pikkade mittelineaarsete lainete dünaamika ja lainerünnak), juhendajad Tarmo Soomere ning Irina Didenkulova
Andrea Giudici, Quantification of Spontaneous Current-Induced Patch Formation in the Marine Surface Layer (Spontaanne laikude formeerumine mere pinnahoovuste mõjul), juhendaja Tarmo Soomere
2014
Nicole Delpeche-Ellmann, Circulation Patterns in the Gulf of Finland Applied to Environmental Management of Marine Protected Areas (Soome lahe pinnahoovuste mustrite rakendamisest looduskaitsealade haldamiseks), juhendaja Tarmo Soomere
Maija Viška, Sediment Transport Patterns Along the Eastern Coasts of the Baltic Sea (Settetranspordi mustrid Läänemere idarannikul), juhendaja Tarmo Soomere
Dmitri Kartofelev, Nonlinear Sound Generation Mechanisms in Musical Acoustics (Helitekke mittelineaarsed mehhanismid muusikalises akustikas), juhendaja Anatoli Stulov
Marika Eik, Orientation of Short Steel Fibres in Concrete: Measuring and Modelling (Metallist lühikiudude orientatsioon betoonis: mõõtmine ja modelleerimine), juhendajad Heiko Herrmann ja Jari Puttonen (Aalto Ülikool) (TTÜ ja Aalto Ülikooli topeltkraad)
Bert Viikmäe, Optimising Fairways in the Gulf of Finland Using Patterns of Surface Currents (Laevateede optimeerimine Soome lahel pinnahoovuste mustrite põhjal), juhendajad Tarmo Soomere ja Tomas Torsvik
2013
Inga Zaitseva-Pärnaste, Wave Climate and its Decadal Changes in the Baltic Sea Derived from Visual Observations (Läänemere lainekliima ja selle muutlikkus visuaalsete lainevaatluste alusel), juhendaja Tarmo Soomere
Vadim Kaparin, Transformation of Nonlinear State Equations into Observer Form (Mittelineaarsete olekuvõrrandite olekutaastaja kujule teisendamine), juhendaja Ülle Kotta
Mervi Sepp, Estimation of Diffusion Restrictions in Cardiomyocytes Using Kinetic Measurements (Difusioonitakistuste hindamine kardiomüotsüütides kasutades kineetilisi mõõtmisi), juhendaja Marko Vendelin
2012
Marko Kääramees, A Symbolic Approach to Model-based Online Testing (Mudelipõhine online-testimine kasutades sümbolarvutust), juhendajad Jüri Vain, Michael Reichhardt Hansen (Taani Tehnikaülikool) (töö kaitstud TTÜ arvutiteaduse instituudis)
Oxana Kurkina, Nonlinear Dynamics of Internal Gravity Waves in Shallow Seas (Siselainete mittelineaarne dünaamika madala vee lähenduses), juhendajad Tarmo Soomere, Efim Pelinovsky (Vene TA Rakendusteaduste Instituut, Nižni Novgorod)
Tarmo Robal, Towards Adaptive Web - Analysing and Recommending Web Users’ Behaviour (Veebikasutajate käitumise analüüs ja soovitused adaptiivse veebi loomiseks), juhendaja Ahto Kalja (töö kaitstud TTÜ arvutitehnika instituudis)
Juri Belikov, Polynomial Methods for Nonlinear Control Systems (Polünoommeetodid mittelineaarsetes juhtimissüsteemides), juhendaja Eduard Petlenkov, konsultant Ülle Kotta (töö kaitstud TTÜ automaatikainstituudis)
Andrei Errapart, Photoelastic Tomography in Linear and Non-linear Approximation (Fotoelastsustomograafia lineaarses ja mittelineaarses lähenduses), juhendaja Hillar Aben
David Schryer, Metabolic Flux Analysis of Compartmentalized Systems using Dynamic Isotopologue Modeling (Isotopoloogilise modelleerimise rakendamine heterogeensete bioloogiliste süsteemide ainevahetusvoo analüüsis), juhendajad Marko Vendelin, Toomas Paalme (TTÜ), Pearu Peterson
Ardo Illaste, Analysis of Molecular Movements in Cardiac Myocytes (Molekulaarsete liikumiste analüüs südamelihasrakkudes), juhendaja Marko Vendelin
2011
Tanel Peets, Dispersion Analysis of Wave Motion in Microstructured Solids (Lainete dispersioon mikrostruktuuriga materjalides), juhendaja Jüri Engelbrecht
Lya Meister, Eesti vokaali- ja kestuskategooriad vene emakeelega keelejuhtide tajus ja häälduses: eksperimentaalfoneetiline uurimus, juhendajad Karl Pajusalu, Hille Pajupuu (mõlemad Tartu Ülikool) (töö kaitstud Tartu Ülikoolis)
Riina Maigre, Composition of Web Services on Large Service Models (Veebiteenuste kompositsioon suurtel teenustemudelitel), juhendajad Enn Tõugu ja Peep Küngas (Tartu Ülikool)
Kert Tamm, Wave Propagation and Interaction in Mindlin-Type Microstructured Solids (Lainelevi ja interaktsiooni numbriline modelleerimine Mindlini tüüpi mikrostruktuursetes tahkistes), juhendaja Andrus Salupere
2010
Pavel Grigorenko, Higher-Order Attribute Semantics of Flat Languages (Lamedate keelte kõrgemat järku atribuutsemantika), juhendaja Enn Tõugu
Merle Randrüüt, Wave Propagation in Microstructured Solids: Solitary and Periodic Waves (Lainelevi mikrostruktuuriga tahkistes: üksik- ja perioodilised lained), juhendajad Jüri Engelbrecht ja Andrus Salupere
Tanel Mullari, On the Second Order Relativistic Deviation Equation and Its Applications (Teist järku relativistlik hälbevõrrand ja selle võrrandi rakendusi), juhendaja Risto Tammelo (Tartu Ülikool) (töö kaitstud Tartu Ülikoolis)
Andrus Räämet, Spatio-Temporal Variability of the Baltic Sea Wave Fields (Läänemere lainetuse tingimuste ajalis-ruumiline muutlikkus), juhendaja Tarmo Soomere
Mihhail Berezovski, Numerical Simulation of Wave Propagation in Heterogeneous and Microstructured Materials (Lainelevi numbriline simulatsioon heterogeensetes ja mikrostruktuuriga materjalides), juhendaja Jüri Engelbrecht
Maris Tõnso, Computer Algebra Tools for Modelling, Analysis and Synthesis for Nonlinear Control Systems (Arvutialgebra vahendid mittelineaarsete juhtimissüsteemide modelleerimiseks, analüüsiks ja sünteesiks), juhendaja Ülle Kotta
2009
Dmitry Kurennoy, Analysis of the Properties of Fast Ferry Wakes in the Context of Coastal Management (Kiirlaevalainete omaduste analüüs rannikualade haldamise kontekstis), juhendajad Tarmo Soomere ja Ira Didenkulova
Loreta Kelpšaite, Changing Properties of Wind Waves and Vessel Wakes on the Eastern Coast of the Baltic Sea (Tuulelainete režiimi ja laevalainete omaduste muutused Läänemere idarannikul), juhendajad Tarmo Soomere ja Irene Lill (TTÜ)
Andres Kask, Lithohydrodynamic Processes in the Tallinn Bay Area (Litohüdrodünaamilised protsessid Tallinna lahe piirkonnas), juhendaja Tarmo Soomere
Lauri Ilison, Solitons and Solitary Waves in Hierarchical Korteweg-de Vries Type Systems (Solitonid ja üksiklained hierarhilistes Kortewegi-de Vriesi tüüpi süsteemides), juhendaja Andrus Salupere
2008
Ando Saabas, Logics for Low-Level Code and Proof-Preserving Program Transformations (Loogikad madala taseme koodile ja tõestusi säilitavad programmiteisendused), juhendajad Tarmo Uustalu ja Enn Tõugu
Ira Didenkulova, Long Wave Dynamics in the Coastal Zone (Pikkade lainete dünaamika rannavööndis), juhendajad Tarmo Soomere ja Efim Pelinovsky (Vene TA Rakendusteaduste Instituut, Nižni Novgorod)
Johan Anton, Technology of Integrated Photoelasticity for Residual Stress Measurement in Glass Articles of Axisymmetric Shape (Integraalse fotoelastsuse tehnoloogia jääkpingete määramiseks telgsümmeetrilistes klaasobjektides), juhendaja Hillar Aben
Meelis Mihkla, Kõne ajalise struktuuri modelleerimine eestikeelsele tekst-kõne sünteesile (Modelling the Temporal Structure of Speech for the Estonian Text-to-Speech Synthesis), juhendajad Haldur Õim (Tartu Ülikool) ja Einar Meister (töö kaitstud Tartu Ülikoolis)
2007
Toomas Kirt, Concept Formation in Exploratory Data Analysis: Case Studies of Linguistic and Banking Data (Mõistete moodustamine uurivas andmeanalüüsis: keele- ja pangandusandmete juhtumianalüüsid), juhendaja Leo Võhandu (TTÜ) (töö kaitstud TTÜ informaatikainstituudis)
Juhan Ernits, Two State Space Reduction Techniques for Explicit State Model Checking (Kaks olekuruumi kahandamise tehnikat olekute otseesitusega mudelikontrollis), juhendaja Jüri Vain (töö kaitstud TTÜ arvutiteaduse instituudis)
Marion Lepmets, Evaluation of Basic Project Management Activities: Study in Software Industry, juhendajad Hannu Jaakkola (Tampere Tehnikaülikool) ja Ahto Kalja (töö kaitstud Tampere Tehnikaülikoolis)
Kalev Rannat, Long Weakly Nonlinear Waves in Geophysical Applications (Pikad nõrgalt mittelineaarsed lained geofüüsikalistes rakendustes), juhendajad Tarmo Soomere ja Hanno Ohvril (Tartu Ülikool) (töö kaitstud Tartu Ülikoolis)
2006
Tanel Alumäe, Methods for Estonian Large Vocabulary Speech Recognition (Meetodid eesti keele suure sõnavaraga kõnetuvastuseks), juhendajad Leo Võhandu (TTÜ) ja Einar Meister (töö kaitstud TTÜ informaatikainstituudis)
2005
Risto Vaarandi, Tools and Techniques for Event Log Analysis (Tööriistad ja võtted sündmustelogide analüüsiks), juhendaja Ahto Kalja (töö kaitstud TTÜ arvutitehnika instituudis)
Maksim Säkki, Intermittency and Long-Range Structurization of Heart Rate (Südamerütmi pikamastaabiline kord ja juhumuutlikkus), juhendaja Jaan Kalda
Olari Ilison, Solitons and Solitary Waves in Media with Higher Order Dispersive and Nonlinear Effects (Kõrgemat järku dispersiivsete ja mittelineaarsete efektide mõju solitonide ja üksiklainete tekkele), juhendaja Andrus Salupere
Robert Kitt, Generalised Scale-Invariance in Financial Time Series (Üldistatud mastaabiinvariantsus finantsaegridades), juhendaja Jaan Kalda
Andres Braunbrück, Wave Interaction in Weakly Inhomogeneous Materials (Lainete interaktsioon nõrgalt mittehomogeenses keskkonnas), juhendaja Arvi Ravasoo
2004
Sven Nõmm, Realization and Identification of Discrete-Time Nonlinear Systems (Diskreetse aja mittelineaarsete süsteemide realiseerimine ja identifitseerimine), juhendajad Ülle Kotta ja Claude Moog (Nantes'i Ülikool) ja Nantes'i Ülikooli topeltkraad)
2003
Einar Meister, Promoting Estonian Speech Technology: From Resources to Prototypes (töö kaitstud Tartu Ülikoolis)
Irina Astrova, On Integration of Object-Oriented Applications with Relational Databases (Objektorienteeritud rakenduste integreerimine relatsooniliste andmebaasidega), juhendaja Ahto Kalja (töö kaitstud TTÜ arvutitehnika instituudis)
2001
Pearu Peterson, Multi-Soliton Interactions and the Inverse Problem of Wave Crests (Mitmiksolitonide vastastikmõjud ja laineharjade pöördülesanne), juhendajad Jüri Engelbrecht ja Embrecht van Groesen
Marko Vendelin, Cardiac Mechanoenergetics in silico (Südamelihase mehanoenergeetika modelleerimine), juhendaja Jüri Engelbrecht
1998
Olav Kongas, Nonlinear Dynamics in Modeling Cardiac Arrhytmias, juhendaja Jüri Engelbrecht
1996
Sergei Tupailo, Hilbert's epsilon-Symbol in Predicative Subsystems of Analysis, juhendaja Grigori Mints (Stanfordi Ülikool) (töö kaitstud Tartu Ülikoolis)